C'est une bonne question. Cela fait un moment que je n'ai pas fait de keras.
Pour moi, c'est n'est pas obligatoire, juste la création du model suffit car on fait la compilation à nouveau pour le modèle custom. Le .compile prépare le model pour le training.
A voir la définition du VAE custom si lui a besoin que le modèles soient compilés.
Un collègue tensorflow peut-il confirmer ?