scRNAseq projection

Question

Bonjour

ce cours sur les VAE me fait fortement penser à mes problèmes d'analyses en biologie des cellules immunitaires avec la technologie de scRNAseq. le pipeline d'analyse consiste à réduire l'info en reduisant les dimensions par PCA = embedding et une visualisation (espace latent) en UMAP qui me sert ensuite  à déterminer des clusters. Mon objectif serait d'avoir un espace latent représentatif de toutes les cellules immunitaires et de l'utiliser pour projeter tous nouveaux datasets dans cet espace pour "identifier" et donc nommer tout le temps de la même façon mes cellules.

J'étudie le deep learning avec vous ;-) car justement je cherche à savoir comment utiliser l'IA pour mes analyses de scRNAseq. Auriez vous connaissance de formations sur le deep learning appliqué seulement à la biologie et notemment le scRNAseq. Auriez vous connaissance d'un groupe travaillant dessus avec qui je pourrais échanger. Merci de votre aide. Fidle est génial! vous êtes une super équipe ;-)

Answer 1

Merci pour votre retour très positif.

Je ne vais pas pouvoir vous aider sur ce sujet n'étant pas de ce milieu, néanmoins sur ce type de sujet de niche, une bonne méthode consiste à prendre contact avec les développeurs des librairies spécialisés du domaine. Par la suite cela permet de trouver les discords des communautés du sujet. Le bouche à oreille :+1: