Pour des perfs optimales, il est souvent utile d'utiliser les bibliothèques mises à disposition par le serveur ou le supercalculateur qu'on utilise. Ça contient souvent les versions voulues, et en plus elles sont compilées de sorte à être optimiser sur notre système. Les dockers sont effectivement très pratiques mais pas si courant sur les supercalculateurs à cause de contraintes supplémentaires que ça implique (sur JZ on doit passer par des conteneurs singularity) et de l'overhead induit (aussi petit soit-il).
Par contre pour des raisons pédagogiques ou de déploiement, comme on assure la reproductibilité et le fonctionnement de la solution, c'est effectivement impeccable.